区审计局设3个职能股室：
1、办公室
综合协调局机关行政事务，制定局机关内部管理制度，负责重要文件和重要综合文稿的起草工作；负责文电、会务、机要、档案等机关日常工作，负责信息、保密、信访、政务公开、财务、信息化建设、计划生育、后勤服务等工作。拟订全区审计工作制度，负责全区审计项目计划编制、统计等工作；编制审计工作规划、年度审计项目计划；做好有关行政复议和行政应诉工作，指导和监督内部审计。
2、综合业务股
负责区管委财政预算执行和其他财务收支、财政转移支付资金的审计；负责地方和上级审计机关授权的金融机构的资产、负债和损益情况的审计，开展相关专项审计调查。负责审计区直党机关、区直事业单位、社会团体的预算执行情况和决算；负责审计区管委会工作部门管理和受区管委会及其部门委托管理的科教文卫专项资金、社会保障基金、社会捐赠资金，开展相关专项审计调查。负责开展对全区党政机关和事业单位领导干部、区属国有企业和区管委会规定的区属国有资本占控股或主导地位的企业领导人任期经济责任审计工作；组织实施财经法律、法规、规章、政策和宏观调控措施执行情况、财政预算管理或国有资产管理使用等与财政收支有关的特定事项进行专项审计调查。
3、投资审计股
负责对全区重点管委会投资建设项目实施开工前审计、预算（概算）执行情况审计、工程造价审计和竣工决算审计，对重点管委会投资建设项目关键环节实行跟踪审计，对重点管委会投资建设项目的财务收支进行审计；开展相关专项审计调查。
区委组建审计委员会，区委审计委员会办公室作为委员会的办事机构，设在审计局。